GDR génomique environnementale: Journée thématique dédiée aux méthodes de construction et d’analyse de réseaux à partir de données de métagénomique ou métabarcoding
Dans le cadre des journées scientifiques de l’Université de Nantes, le GDR génomique environnementale organise une journée thématique dédiée aux méthodes de construction et d’analyse de réseaux à partir de données de métagénomique ou métabarcoding,
le vendredi 2 juin 2017, à Nantes, cité des Congrès de Nantes
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CONTEXTE
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La génomique environnementale a connu ces dernières années une véritable révolution avec l'avènement des technologie de séquençage à haut-débit. Et il est aujourd’hui possible de commencer à appréhender la complexité des
écosystèmes et les interactions au sein de ces écosystèmes, leurs fonctions et leur s dynamiques. Si les échantillons et les données d’un nouveau genre sont de plus en plus accessibles, leurs analyses restent néanmoins difficiles.
Elles nécessitent en effet la mise en place de protocoles dédiés qui associent des méthodes de biostatistiques, de bioinformatique ou de modélisation biologique.
L’objectif de cette journée est de créer un lieu d’échange interdisciplinaire (biologie, génomique, écologie, mathématique, et informatique) autour des aspects méthodologiques liés à l'analyse des données issues de la métagénomique ou du métabarcoding, avec un accent mis sur la construction et l'analyse de réseaux.
La journée est gratuite, mais l’inscription sera obligatoire.
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PROGRAMME
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Le programme consistera en deux séminaires invités introductifs, des présentations orales et des posters. Vos contributions sont les bienvenues.
Les thèmes d’intérêt seront, et ce de manière non exhaustive:
— analyse de données métagénomiques
— construction de réseaux de co-occurrences
— analyse de réseaux et graphes issus de la métagénomique
— méthodes de construction ou d'inférence de réseaux applicables aux données métagénomiques
Séminaires invités :
— Karoline Faust, Laboratoire de bactériologie moléculaire, KU Leven, Belgique
— Corinne Vacher, UMR BioGeCo, INRA, France
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SOUMISSION
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Pour présenter vos travaux, lors de cette journée, sous forme de présentations orales ou posters, vous pouvez envoyer un titre ainsi qu'un résumé de 2 000 caractères maximum à
reseaux_GdR_GE-at-ls2n.fr
Le résumé peut être écrit en français ou en anglais. Il peut s'agir de travaux déjà publiés, soumis ou de retours d'expérience sur l'utilisation d'outils ou méthodes.
date limite : 24 mars
notification de la participation : 31 mars
L’ouverture des inscriptions à la journée sera faite ultérieurement.
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COMITES
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Scientifique :
Julie Aubert, UMR MIA-Paris, INRA, AgroParisTech, Paris
Damien Eveillard, LS2N, Université de Nantes, Nantes
Pierre Peterlongo, IRISA, Rennes
Eric Pelletier, CEA, Genoscope, Evry
Colomban de Vargas, Station biologique de Roscoff, CNRS, Roscoff
Organisation :
Julie Aubert, AgroParisTech, Paris
Damien Eveillard, LS2N, Université de Nantes
Stéphanie Noguet, LS2N, Université de Nantes