QRcode : Traçabilité des échantillons et données associées

Présentation générale du projet

Le projet vise à assurer la traçabilité des données dès le terrain, à travers un système embarqué de taggage numérique des échantillons, et la documentation des protocoles de mesure associés. Il s’agit ici de favoriser un suivi des échantillons et données associées dans le temps et leur réutilisation à travers la mise en place d’un étiquetage pérenne (résistant dans le temps et aux conditions de stockage) portant un identifiant numérique sous la forme d’un QRcode, associé à un système d’information permettant d’assurer le suivi et la gestion des collections d’échantillons. Ce dispositif doit être le plus réutilisable, indépendamment du protocole observé ou du type de taxon recueilli. Par rapport à d’autres dispositifs de gestion d’échantillon, ce dispositif a pour spécificités :

- la gestion de collection d’échantillons en situation mobile ;

 - la gestion des données associées aux échantillons : spécification des formulaires en amont, et historicisation des formulaires remplis en aval.

La solution logicielle repose sur un développement open-source autour de COLLEC-SCIENCE.
- Un site Web pour présenter son utilisation

https://www.collec-science.org/video-tutorial/

- Un manuel accessible à tous

https://www-iuem.univ-brest.fr/pops/attachments/1378

 -  COLLEC-SCIENCE en test à la Rochelle

https://siza.univ-lr.fr/collec12/index.php

admin / password

- Deux listes de diffusion pour utilisateurs ou développeur

https://groupes.renater.fr/sympa/info/collec-dev

https://groupes.renater.fr/sympa/info/collec-users

 

Pour en savoir plus sur l'état du projet ....

La traçabilité des échantillons est d'abord un problème organisationnel qui nécessite de mettre en place une bonne coordination au niveau de chaque site, et entre les sites des Zones Ateliers. Avec le site POPS (https://www-iuem.univ-brest.fr/pops/projects/za/documents), GITHUB (https://github.com/Irstea/collec), le site de COLLEC (https://www.collec-science.org), les mailings listes, ainsi que l'animation de communauté financée par le Réseau des Zones Ateliers, un grand pas est fait dans ce sens. Chrono-Environnement et la région Bourgogne Franche-Comté contribuent à cet effort depuis Janvier 2018.  

Suite à la concertation menée en 2016, il avait été décidé de travailler sur un logiciel (collec-science[1] développé par Eric Quinton à l’IRSTEA en open-source[2]) pour intégrer une nouvelle fonctionnalité permettant de décrire les échantillons par un ensemble de clés/valeurs, ensemble regroupé sous l’objet Métadonnées, valable pour un type donné. A cet effet, Christine Plumejeaud a encadré un stagiaire de Licence 3 en informatique au LIENSs, Hector Linyer, sur la durée maximale autorisée par son encadrement pédagogique (soit 50 jours). Un PC portable dell a été acheté pour permettre au stagiaire de travailler, et également, pour fournir une machine de travail à Julien Ancelin, qui vient travailler 2 jours par semaine sur le projet depuis mai 2017. En effet, il fallait également assurer le fonctionnement de la solution en mode embarqué off-net (sans connexion avec Internet). Nous avons programmé avec Julien Ancelin le container Docker[3] de la solution collec-science (logiciel Web écrit en PHP + server Apache + BDD Postgres) pour faciliter son installation sur les Raspberries Pi3.

Au niveau du matériel, il s’agissait de tester de nouvelles étiquettes adaptées aux conditions réelles d’utilisation avec notre imprimante Zebra GX430 T et sa douchette QBT 2400 (2 achats réalisés pour 2 ZA : PYGAR et BREST). Avec Cécile Pignol, nous avons acheté plusieurs types d’étiquettes : grand format pour les carottes ou des pots pièges, ou au contraire minuscules et taillées sur mesure pour des mini-tubes (cas des insectes ou échantillons de sang). Pour la gestion des échantillons dans les laboratoires, nous testons actuellement un PDA Datalogic AXIST (échangé contre une Datalogic SKORPIO) et une tablette Windows 10 Pro. Nous avons documenté l’usage des imprimantes et douchettes, et toute la documentation du projet et les comptes-rendus de réunion sont en ligne en accès public sur le site https://www-iuem.univ-brest.fr/pops/projects/za

Par ailleurs, Mathias Rouan a pris le chantier de sur l’interopérabilité de cette solution en main. Nous avons également organisé une rencontre à Toulouse le 6 juin 2017 avec l’aide de Wilfried Heintz de la solution BarCode pour discuter avec leurs concepteurs. Nous avons aussi communiqué autour de ce travail pour le valoriser : une publication dans une revue internationale a été soumise à Computers & GeoSciences le 11/10/2017 ; un poster au colloque des iLTER à Nantes le 2/10/2017 ; une démonstration du logiciel à la conférence nationale SAGEO[4] le 6/11/2017 à Rouen, et le 7/11/2017 à Rouen en réunion avec ROZA. Ce poster sera représenté au colloque dataBFC[5] à Besançon du 13 au 15 novembre 2017. Normalement, Sylvie Damy envisage d’encadrer un ingénieur